> 原子吸光光度法はＮａを測定して塩分濃度求めますが、測定したＮａ値に（記憶では2,452の係数）いくつをかければ、食塩相当量になるのか？

そういうのは分析の手法全体を何らかの方法で示さないと何も言えません．
何グラムの試料を溶解して何Lの検液を作ったのか?
原子吸光による定量値はどのような単位で出したものか? 分析値は Na の ppm で表されるとは限らないのです．
塩分含有量はどういう単位で示すのか? 試料100g中のg数で示さなければならない理由はありません．
何らかの公定分析法を使っているなら，その方法ないしポインタを示さなければ，話はまったくかみ合いません．

> モール法で除蛋白するときは、すべての蛋白（分子量の大きさとか）が除去されるのでしょうか、

モール法というのは Cl- を Ag+ で滴定して求める方法のことであり，除たんぱくというのはある特定の試料に対して必要な操作です．したがって，モール法一般としては除たんぱくについては何も言えないのです．あなたが採用した(あるいはしようとしている)除たんぱく法を示さない限り，これについても何も言えません．

> またサンプル中の脂肪量の大きさに左右されるのか？

モール法の定量値が，ですか? 除たんぱくの程度が，ですか?
前者は直接は関係ないと思いますが，後者については除たんぱくの方法によっては変わるかもしれません．