話がわかりにくいのですが，要するに食品中の塩分含量を求めるのに，原子吸光によるNa定量によるものとモール法によるCl-定量の両方をやってるということですか?
モール法は Cl- と Ag+ を反応させるわけですが，Ag+ は Cl- としか反応しないわけではありません．たんぱく中のシステイン残基やシスチン残基とも反応します．またたんぱくによっては Ag+ と錯体形成をすることもあり，この場合も反応したように見えます．したがって，除たんぱくしないと，正誤差を与える可能性は高いと思います．