モール法で測定するときに試料により除蛋白しないと高めの数値がでます。
ＪＡＳ法では除蛋白をしていると思います。

話がわかりにくいのですが，要するに食品中の塩分含量を求めるのに，原子吸光によるNa定量によるものとモール法によるCl-定量の両方をやってるということですか?
モール法は Cl- と Ag+ を反応させるわけですが，Ag+ は Cl- としか反応しないわけではありません．たんぱく中のシステイン残基やシスチン残基とも反応します．またたんぱくによっては Ag+ と錯体形成をすることもあり，この場合も反応したように見えます．したがって，除たんぱくしないと，正誤差を与える可能性は高いと思います．