普通、土壌の標準分析では円孔2mmのものを使います。それは格子状だと対角線の長さが2mm以上になってしまうからです。ただ、こういう特殊な場合はしょうがないんでしょうね

網目の面積で判断はされないと思いますよ。あくまでも通過する粒子を球と過程した時の直径で考えるはずです。今は板ふるいはあんまり使わないと思いますよ。網に統一とかって聞いたこともありましたし。いずれにせよ、JISの標準ふるい目に従っていれば問題ないはずです。対角線とか面積よりも、JISの大雑把な振り分けに任せましょう。2mmの穴でも通り方でそれ以上のものも通りますから、粒度分布の概念を持っていなくてはいけません。