理想気体はそれ自体に体積がないことと分子間力（ファンデルワールス力）がないことが前提ですよね。メタノールは当然それらはありますし、若干とはいえ、極性がありますから弱い水素結合の有無も無視できないと思います。
この実験の目的は察するに、PV=ｎRTの式で、メタノールについてのRの値を求めることに最終的な主眼が置かれている気がします。
原点を通る通らないは、そのグラフを見ることで、定数Rが大きくずれるのか小さくずれるのかを見る指標になると思います。