アンモニアが毒性を示す理由とは何なのでしょうか？どなたか教えてください。

生化学ですね（＾＾；
専門家じゃないですから直接の回答はできませんが、神経系の毒性があるそうですね。その辺の仕組みはわかりませんが・・・
体内でもたんぱく質の消化で生成するそうですが、無害な尿素ににて排出します。外から直接入ってくれば、血中濃度が上がり腎臓がてんやわんやになっておかしくなっちゃいます。イオンならまだ良いのでしょうが、アンモニアは細胞に取り込まれる（脂溶性だそうで）ので危険だとのことです。毒とは言いませんが、アルカリ性なので粘膜にも危険ですね。
分析化学の人ばかりでしょうからなかなか回答がくるのは難しいかもしれませんね。生化学の本とか調べた方が早いかもしれませんよ。