> > 化学便覧は権威のある本だと思っていましたが、リン酸のpKa2は3版では7.2とあったのに、5版では6.4と変わっています。誤差としても大きいし素人的にもアルカリ側から酸性側に移った印象があります。
> > 今後、いろいろな本でリン酸のpKa2は実は6.4だったなんてことになるのでしょうか？　リン酸の本当のPka2はどのような値なのでしょう。滴定装置があれば自分で確認できるのですが、もってないし。最も適切なpKa2を教えてください。文献ではなく測定した結果として。

文献は測定した値を報告しているものですから、測定条件なんかも記載されていると思います。
化学便覧も報告値をもとに書かれているので、参考文献を調べれば測定条件もわかります。
一度、これらの文献を比較して測定条件を調べてみればいかがでしょうか？