食品関係のことはよくわかりませんが、肉塊をそのまま加水分解するとタンパク質も分解されてしまうので、ペプチドを定量するためには抽出液（ペプチド＋アミノ酸）の加水分解前後のアミノ酸量を比較するのが正しいのではないでしょうか。どのような手法で抽出するのかわからないですけど。
あと、ペプチド態タンパク質という言葉はあるのでしょうか？その境界は厳密ではないですが、本来ペプチドとタンパク質は別物ではないですか？タンパク質をポリペプチドとは言うかもしれませんが。